課題３ 食剤流通過程における抗菌剤・薬剤耐性菌モニタリングシステム
畜水産における抗菌剤使用とそれに起因する耐性菌の発生ならびに拡散を食材流通過程に沿ってモニターするべく、モデル地域での市場とそこへ納入する畜水産食材加工場さらには畜水産現場を含めた流通生産販売ラインを選定し、食品検査体制の一環としての耐性菌モニタリングシステムを構築します。
【活動３-１】
課題１で得られた成績を基に、市場で販売されている肉、乳製品、魚介類などの生食材、食材加工場における製品、畜産（牛、鶏、豚など）水産（養殖エビ、養殖魚など）場から検体を定期的に収集し、耐性菌の定性的定量的検査、抗菌剤の定量定性測定を実施します。
【活動３-２】
季節的、年次的変動を解析し、効果的なモニタリングのためのマニュアルの作成と方法の標準化を行います。
具体的には、生産規模（畜産においては飼育数、水産養殖においては養殖場面積など）と適正サンプル数、サンプル採取部位（畜産においては糞便、養殖においては養殖池沈殿物または個体）、加工場における加工数量とサンプル数ならびにサンプル採取用検体（肉片、加工魚介類個体）、市場における販売商品（肉片、加工魚介類、乳製品など）とサンプル数、サンプル採取期間と頻度、試験項目と試験方法、成績のまとめと解析法、報告書フォーマットの作成等となります。
開発された耐性菌モニタリングシステムはその実効性を検証します。